Натанаил е висш български духовник, виден деец на Българското възраждане в Македония през XIX век, охридски (1872–1880) и пловдивски митрополит (1891–1906) на Българската екзархия, писател, обществен деец и революционер,организатор на Кресненско-Разложкото въстание и Охридското съзаклятие. Значителна част от сведенията за Натанаил черпим от неговата „Автобиография“, публикувана в 1909г. Роден е на 26 октомври 1820 г. като Нешо (Недялко) Стоянов (Станков) Бойкикев в село Кучевище, Скопска Църна гора. Негов брат е революционерът Златан Бойкикев. Учи в прицърковното училище на Кучевищкия манастир, а в 1835 г. отива да учи в Самоков при учителя Никола Тонджоров, при когото живее. След това продължава образованието си в Прилеп, където заедно с учителя си Георги Самуркашев от Велес превежда ”во простый и краткый болгарский къ разуменю простому народу” антисемитския трактат „Служение еврейско и все злотворение нихно” на монаха Неофит Кавсокалвициу отпечатан в Солун в 1839 г. от Теодосий Синаитски. През 1837 г. Н.Бойкикев се подстригва за монах в Зографския манастир с името Натанаил. В Зограф Анатолий Зографски е впечатлен от дарбите и патриотизма на Натанаил и подпомага изпращането му в Русия. След една година заминава да учи в духовното училище в Кишинев, а по-късно в Одеската семинария. В 1840–1841г. заедно със Захарий Княжевски Натанаил превежда „Зерцало или огледало християнское“, отпечатано в Москва в 1847 г., в което се казва: „Ніе говоримъ нѣколько человѣцы посвятихме живота си за общенародното образованіе, и по ясно отъ прочій те виждаме скудость та за необходими те книги на Бѫлгарскія народъ: за това начнахме неосыпно да са стараимъ да превождаме и составляваме различни и най-необходими Книги не только полезни за юношество то, но необходими за всякаго возрастнаго Бѫлгарина. Ако и сами дасме премного заняти за свое то си усовершенствованіе въ науки те. Желаимъ да покажимъ примѣръ безъ користный за обогащеніе то и приведеніето на Бѫлгарска та писменность въ перво то и состояніе.Сердечно желая Бѫлгарско то просвѣщеніе, ніе изискахме времи при прочій те свои трудове, та преведохме тія три книги отъ славяно-Россійская на болгарскій языкъ…”
През 1843 г. участва на събор на 40 български студенти и ученици в Одеса, които се обявяват за създаване на автономна българска църква и се задължават всички да станат владици, ако народът поиска това от тях. През 1846 г. чрез Захарий Княжевски в Санкт Петербург иска от руското правителство църковни книги, утвар и парична помощ за откриване на българско богословско училище в Цариград, както и дипломатическа подкрепа за създаване на българска църква. Натанаил изпраща на канцлера граф Блудов и на синодалния прокурор граф Протасов списък от 33 българи, подготвени за владици.След завършването на семинарията Натанаил се записва през 1847 г. в Киевската духовна академия. Поддържа писмена връзка със свои сънародници от Македония, като подкрепя църковното движение, а писмата му са четени публично в Скопие, Велес, Прилеп и други. Натанаил е сред първите дейци в българската църковна борба, които правят научна историческа обосновка на необходимостта от самостоятелна българска църква. Академията завършва в 1851 г. като кандидат на богословието с работата: „О том, что Болгарский Архиепископ в древния времена не зависил ни от Римскаго, ни от Константинопольского Патриарха“ (За това, че Българският архиепископ в древни времена не е зависил нито от Римския, нито от Константинополския патриарх), която по-късно е преведена на български и разпространявана в България в разгара на църковната борба. Дисертацията му завършва по повод закриването на Охридската архиепископия така: „Ах, кое славяно-българско сърце? Коя славяно-българска душа може без скръб да вспомене 1767 година 16 ден януария, когито мы Славяно-българе останахме яко овци без Пастиря-отца?...[6] О, колко би била щастлива България, ако би се удостоила и сега да ѝ се возвратат законните църковни права от нашаго и общаго отца, предобраго султана, за да си има и она едного върховнаго своего уравителя на Църковната си иерархия внетре в отечеството си”. Натанаил обикаля Русия, Чехия и Сърбия и вижда каква роля играе просветата за повдигане на националното съзнание. В 1851 г. Натанаил заедно с Константин Петкович, с когото стават близки приятели подава в Азиатския департамент и на руския министър на просвещението записка за тежкото положение на македонските българи и за нуждата от парична помощ за българските училища в Македония. На следната 1852 г. двамата правят проект за създаване на Българска матица, като към идеята им се присъединява и Партений Зографски. Идеята не се осъществява, но скоро в Браила със съдействието на Натанаил се създава Българското книжовно дружество. Ръкоположен е за йеромонах в Киев. Натанаил е става личен приятел на Георги Раковски, Васил Априлов, Николай Палаузов и много други видни български и руски обществени и духовни дейци. Пътува из Русия, Австрия, Сърбия, Влашко, Молдова и Османската империя. В 1853 г. издава на черковнославянски в Прага книгата „Приятелское писмо от българина к гръку“, в която описва причините за българо-гръцката църковна разпра и поставя умерени искания. В 1863 г. заедно с Иван Селимински архимандрит Натанаил е български делегат в Моравия на честването на 1000 години от делото на Св. св. Кирил и Методий.От 1854 до 1869 г. като представител на Зографския манастир е игумен и на Добровецкия манастир в Молдова. В 1864 г. „побългарява“ „Кратко изяснение на Божественна Литургия“, в чийто предговор пише: „Любезніи съотечественици
Коги-то казахме въ заглавныятъ листъ на тая книжка, чи мы я печатими въ полза на общо-то въ Скопіе училище, друго нѣмахме въ видъ, освѣнъ отъ една страна училище-то да восползуваме матеріално, а отъ друга страна религіозно, сирѣчъ, отъ продажба-та ѝ да има училище-то и отъ насъ една помощь, а отъ введеніето ѝ в училище-то като учебникъ да изучаваъ малолѣтнытѣ дѣчица значеніе-то и сила-та на Божественно-то Тайнство Литургии и отъ млады годины да бъдатъ благоговѣйни къмъ това голѣмо Тайнство Христіане. Мы ще ся почитаме щастливы и вседушевно утешены ако наши любородніи учители пріемнатъ тая книжка за учебникъ и въ занимаемы-тѣ отъ нихъ учебны мѣста.Българинъ: Архимандритъ Наθанаилъ Аθонско-Зографский”
На следната 1865 г. Натанаил издава в Букурещ „Буквар славено-българскій“, предназначен за училището в родното му село Кучевища. В същата 1865 г. излиза в Браила и „Произшествіе въ Скопска епархия“, в което разказва за противогръцкото движение на българите в епархията от 1860 до 1865 г.: „Но това е было мало за българско сьрце и душа. Ревность-та на сички-тѣ бѣлокапцы кои-то ся нарицатъ скопски черногорцы, искала е да види друго поголѣмо дѣло народно. Они сознавали себеси за чисты Българе, гдѣ-то и до днесь непроникло грьчко слово, това искали са да видятъ и въ всички Епархіалны села и градища Български. Това они желали, това и постигли. Въ нѣколко дни возбудили они ревность за това нѣщо въ всички селяны и гражданы Българы”
В 1868 г. Натанаил „побългарява“ и „Кратко християнское Наставление“, което излиза в Котел, и което Натанаил подписва: „Сѫщій Славѧно-Българинъ вашь свѧщенноиннокъ Натанаилъ Стоѧновъ”. На 24 септември 1872г. архимандрит Натанаил е ръкоположен от екзарх Антим I за пръв митрополит на Българската екзархия в Охрид, но получава берат през 1874 г. В 1873 г. издава в Цариград „За Юстинианови права на Охридска архиепископия или за църковна независимост и самостоятелност на Охридско-Българско священоначалие“. Заедно със секретаря си Стоян Костов изготвят подробно изложение, относно злоупотребите на османската власт. Документът е подписан и подпечатан от представители на Охридската кааза и изпратен до Цариградската конференция от 1876–1877 г. При избухването на Руско-турската война в 1877 г. заминава за Цариград. Взима участие в организирането на Кресненско-Разложкото въстание през 1878–1879 г. В адрес от 15 юли 1878 г. съобщава на княз Александър Дондуков-Корсаков за опожарени села, убийства, насилия, изнасилвания на девойки и жени в Битолско, Охридско и Прилепско. В писмо от 24 юли 1878 г. до Иван Аксаков описва политическата ситуация в Македония, положението на: „македонските българи, които ежедневно, ежеминутно в продължение на пет века са претърпели повече от всички убийства, насилия, тъмници, насилствени смърти, грабежи, отнемане на собствеността и съвършено поробване”. Натанаил се оплаква на Аксаков, че в Берлинския договор няма и помен за македонските българи, които са участвали равностойно в борбата срещу поробителя. Преследвани от турците, клеветени от гръцките пропагандисти, македонските българи са принудени да бягат към България. Натанаил Охридски е сред 16-те видни българи, на които руският императорски комисар княз Дондуков изпраща въпросник за мнението им по бъдещата конституция на България. Натанаил отговаря, че е за двустепенни избори, но е против назначени депутати в парламента. Според него министрите трябва да се избират от парламента и да се утвърждават от княза: „Щом има министерски съвет начело с княз и народна камара, няма нужда от сенат или държавен съвет. Защо без нужда се правят разноски и са се узаконява противоречието между сената и народната камара подобно указанието на Мидхадпашовата конституция?” Установява се в София, а по-късно във Враца и Ловеч. В 1880 г. е освободен от Охридската митрополитска катедра, тъй като връщането му в Османската империя става невъзможно поради участието му в Кресненското въстание. От 1880 до 1891 г. управлява Ловчанската епархия от името на титуляра екзарх Йосиф I Български, а от 1891 г. до смъртта си през 1906 г. е Пловдивски митрополит. Погребан е в двора на пловдивската църква „Успение Богородично”. Натанаил Охридски е действителен член на Българското книжовно дружество. Използва псевдонимите Н.Богдан, Един Задунаец, Богомолец, Богдан.
Йордан Колев